Dirigida por Mitsuo Fukuda, Gundam Seed toma elementos argumenales bien conocidos de series como Mobile Suit Gundam Wing y After War Gundam X, añadiendo los últimos avances en coloreado digital y graficos generados por ordenador. Esta nueva serie se encuentra situada cronológicamente en la Era Cósmica, detallando la guerra mantenida entre la Alianza Terrestre formada por gran parte de las naciones del planeta Tierra y ZAFT, que posee el absoluto control de las colonias espaciales denominadas PLANTs.

El origen de este conflicto tiene un trasfondo racial, debido a la intolerancia existente entre los seres humanos comunes denominados "Naturales" y aquellos humanos que han sido genéticamente mejorados denominados "Coordinadores", la guerra estalla tras el incidente de Valentín Sangriento, en el cual la facción más radical de los Naturales llamada Blue Cosmos, lanza un misil termico-nuclear desde un Mobile Armor contra la colonia agricultora Junius 7, aclamando la superioridad de los naturales y el ejercito de la Alianza Terrestre. Ante esto ZAFT en pro de proteger las PLANTs y sus ciudadanos coordinadores ejerce su derecho a la autodefensa dando origen a la guerra.

Todas las predicciones otorgaban un rápido triunfo a la Alianza Terrestre, pero debido a la mayor habilidad de los pilotos de ZAFT y la introducción de mobile suits, la guerra no parecía tener fin.

La serie Gundam Seed comienza justo tras once meses de guerra, la Alianza Terrestre ha creado en secreto cinco prototipos Gundam capaces de superar en combate a los mobile suits de ZAFT.